1、使池塘变浅，载水量下降，水生动物生活的水体空间变小，直接影响单位面积的产量。
2、造成水体缺氧。由于淤泥中含有大量的有机质。在夏秋高温季节，有机质在细菌的作用下氧化分解，不断消耗水中大量的溶氧，往往使池塘下层水体本来不多的溶氧消耗殆尽，造成缺氧状态。在缺氧条件下，厌氧细菌大量繁殖，产生对鱼类有害的氨、硫化氢、有机酸等，这些物质又强烈亲氧，使池水负“氧债”，夜间因上下层池水对流交换而引起整个池塘水体溶氧不足，池鱼缺氧浮头。若遇连绵阴雨、低气压闷热，雷阵雨或北风突起等不良天气，则鱼池缺氧更为严重，极易发生泛塘事故。
3、淤泥中大量的含氮有机物，无论在亚硝化细菌的作用下进行好氧分解，或是在硝化细菌的作用下进行厌氧分解，两者的最终产物都是氨。氨的毒性强，即使浓度很低也会抑制龙虾与其他水生生物的生长。